中国上合基地的领导决策机构为理事会,下设秘书处和办公室。

    理事会负责培训基地战略规划、组织章程制定,统筹司法人脉和安全智库建设等事宜,指导实施培训项目。理事会由理事长单位(中央政法委员会),常务副理事长单位(公安部),副理事长单位(外交部,财政部,上海市人民政府,上海政法学院)及理事单位(最高人民法院,最高人民检察院,国家安全部,教育部,司法部,商务部)构成。