上海合作组织成立十余年来，作为我国重要战略依托和运筹大国关系的平台，适应了在新形势下解决地区安全问题和各种形式合作的迫切需要，在国际上的威望和影响不断提高，在解决国际和地区热点问题中发挥了十分重要的作用。上海合作组织是第一个在中国境内宣布成立、第一个以中国城市命名的国际组织，也是唯一由我国倡议发起并发挥主导作用的区域性国际组织。上海合作组织是我国同俄罗斯和中亚、南亚国家开展多双边合作的重要平台，是维护地区安全稳定的有效机制和我国参与国际事务的重要杠杆。因此，进一步推动上海合作组织的发展，是我国重要的国家利益之所在。
2013年9月13日，习近平主席在上海合作组织比什凯克峰会上发表重要讲话，表示：“中方将在上海政法学院设立‘中国—上海合作组织国际司法交流合作培训基地’，愿意利用这一平台为其他成员国培养司法人才。”2014年 9月12日，习近平主席在上海合作组织杜尚别峰会上再次强调：“中方将依托中国－上海合作组织国际司法交流合作培训基地，协助成员国培训司法人才。”自中央做出在上海政法学院设立“中国—上海合作组织国际司法交流合作培训基地”的决定后， 上海政法学院在中央政法委、外交部、公安部及其他相关部委、上海市委市政府、市教委的大力支持和指导下，平稳、有序、高效地推进基地建设，着力打造以学术研究、培训、论坛、交流、研讨、咨询为主的国家级国际司法合作平台，为国家安全战略、外交战略做出贡献。为了圆满完成基地建设任务，上海政法学院拟整合法学、国际关系、国际经贸、社会管理、文化传播等优势学科，设立上海合作组织研究院，为该基地的建设提供理论和学术支持。
上海合作组织研究院的前身为上海合作组织研究中心（ISCOS），是上海政法学院以国际政治学科（上海市教委教育高地）为基础，聚合本校国际关系、国际法、刑事司法、国际经贸、社会学和管理学等多学科专业相关领域研究力量以及国内和上合组织成员国著名学者、官员设立的跨学科、开放式的研究平台。
中心始建于2007年，其前身为上海政法学院“族群政治研究中心”。从2007到2010年，中心主要致力于研究与上海合作组织相关的族群分裂动因、预测模式与解决路径。近年来，中心紧盯国家战略发展的要求，跟踪上海合作组织在政治、安全、经济、文化领域的重要举措与焦点问题，掌握国内外相关领域的研究趋势与发展方向，依托我校上海市教委教育高地国际政治学科，整合全校优秀的研究资源，加强与国内外研究机构的人才交流与学术合作，积极推动校内跨学院、跨学科、跨专业的综合研究，为上海合作组织研究的全面展开创造了极为有利的条件。在传统研究领域与新兴研究领域进行了一系列卓有成效的学术探索和对策研究，取得了较为丰富的成果。经过几年的发展，中心建成了一支结构合理、学理扎实、特色鲜明的研究团队，其中专职教授15人，副教授4人，具有博士学位的年轻讲师6人，海内外兼职教授与研究员14人。专任研究人员获得9项国家级课题立项，20余项省部级课题立项，出版专著（译著）30余部，在国际和国内核心期刊发表论文300余篇。此外，中心还组织主办了一系列重要的学术会议，如“新中国外交60年”、“东亚安全”、“未来10年中国的国际战略”、“中亚学术研讨会”、“丝绸之路经济带建设与中亚安全”等，还锐意进取，努力拓展与国外著名智库机构的合作，迄今已与日内瓦大学高级国际问题研究院、新加坡国立大学李光耀公共政策学院“亚洲和全球化研究所”、吉尔吉斯斯坦外交学院建立了机制性的学术合作框架。
近年来，上合组织面临新的机遇和挑战，国际和地区形势复杂多变，地区热点问题此起彼伏，尤其是随着上海合作组织在政治、安全、经济等领域的合作空前扩大，相关反恐、维稳等安全问题和法律事务的重要性日益凸显。因此，加强对相关领域问题的研究，服务国家的安全和外交战略，意义重大。
上海合作组织研究院结合自身传统优势资源，紧盯国家战略发展的需求，结合上海合作组织在政治、安全、经济、文化领域的重要举措与焦点问题，结合国内外相关领域的研究趋势与发展方向，整合全校优秀的研究资源，加强与国内外研究机构的人才交流与学术合作，重点开展上海合作组织反恐与安全问题研究、上海合作组织体制机制研究、丝绸之路经济带研究、海洋安全研究、民族与宗教问题研究、上合组织成员国国情研究。
研究院定位：
“高起点、交叉性、前瞻性、对策性。以安全与反恐研究为重点，以法学与国际政治、国际经贸、社会学、文化传播交叉研究为特色，强调理论研究与对策分析相结合，积极开展战略性和前沿性的问题研究，服务于上海合作组织中长期、可持续发展建设的战略需求，服务于中国外交的西进战略和大周边外交的实施。
中长期发展目标：
在未来五年内成为上海合作组织研究方面国际知名、国内一流的智库之一。成为上海合作组织秘书处不可或缺的咨询机构；成为外交部等机构政策研究的重要合作单位；成为安全和反恐怖主义研究领域具有独特和权威影响的研究中心之一；成为上海合作组织研究重要的文献数据中心。