中国上合基地的领导决策机构为理事会，下设秘书处和办公室。

    理事会负责培训基地战略规划、组织章程制定，统筹司法人脉和安全智库建设等事宜，指导实施培训项目。理事会由理事长单位（中央政法委员会），常务副理事长单位（公安部），副理事长单位（外交部，财政部，上海市人民政府，上海政法学院）及理事单位（最高人民法院，最高人民检察院，国家安全部，教育部，司法部，商务部）构成。